In einer Welt voller Vorurteile und Hass gegenüber allem, was fremd ist, gelten die Mutanten als die gefährlichsten Feinde der Menschheit. Um sich vor ihren übermenschlichen Fähigkeiten zu schützen, plädiert US-Senator Robert Kelly dafür, sie alle auf eine einsame Insel zu verbannen. Diese Pläne sind Wasser auf die Mühlen des mächtigen Mutanten Magneto, der gemeinsam mit seinen Gehilfen Sabretooth, Mystique und Toadden finalen Kampf gegen die verhasste menschliche Rasse vorbereitet.
Einzig die X-Men unter der Führung von Professor Charles Xavier besitzen die Fähigkeiten ihn zu stoppen: Logan, JEAN Grey, Storm , Cyclops und Rogue nehmen den Kampf gegen den schlimmsten Feind der Menschheit auf...