Nach knapp 20 Jahren kramt Indiana Jones (Harrison Ford) wieder seinen eingestaubten Hut aus, und macht sich auf die Socken sein größtes Abenteuer zu bestehen.

Wir schreiben nun das Jahr 1957.

Nachdem Indy zusammen mit seinem Begleiter Mac (Ray Winstone) in der Wüste an einem abgelegenen Flugplatz nur knapp den dörtigen Sovjetischen Agenten entkommen konnte, wartet zuhause am Marshall College noch größerer Ärger.
Indy's jüngste Expeditionen sind der Regierung ein Dorn im Auge, daher möchte sie ihn von der Universität fliegen lassen.

Auf seinem Weg die Stadt zu verlassen stößt Indiana auf Mutt (Shia LaBeouf), welcher Jones überredet ihm bei seiner Suche nach dem legendären Kristallschädel von Akator behilflich zu sein.

In Peru angekommen, müssen sie jedoch feststellen, dass sie nicht die einzigen sind, die Katakomben, dunkle Gemäuer, alte Grabstätten und sogar eine antike "Stadt aus Gold" durchstreifen; auch die Sovjets, angeführt von der kaltherzigen, überaus hübschen Anführerin Irina Spalko (Cate Blanchett), sind auf der Suche nach dem Schädel, mit dessen Hilfe sie sich die Weltherrschaft erhoffen...