Der junge Jedi-Schüler Anakin Skywalker (Hayden Christensen) beginnt sich allmählich zu einem grossen und ernstzunehmenden Jediritter zu entwickeln, der unter der Führung von Obi Wan-Kenobi (Ewan McGregor) steht. Jedoch hat er auch seine Problemzonen - diese bestehen aus der eigenen Arroganz, seiner wissentlich nicht vorhandenen grenzenlosen Macht, und der ihm verbotenen Liebe zu Königin Amidala (Natalie Portman). Auf diese werden kurz vor wichtigen Entscheidungen im Senat der Republik mehrere Attentate verübt, die jedoch vereitelt werden können. Daraufhin teilen sich Anakin und Obi-Wan auf: während Anakin auf Amidala aufpaßt, verfolgt Kenobi den Attentäter Jango Fett. Er kommt einer erschaffenen Klon-Armee auf die Spur, die mittels mysteriösem Auftrag geschaffen wurden und findet in dem ehemaligen Jedi Count Dooku (Christopher Lee) einen neuen Gegner für die Hüter der Macht...