Drei Jahre sind bereits vergangen, seitdem das legendäre Raumschiff, die Yamato, von ihrer Mission zurückgekehrt ist. Die Erde und ihre Bewohner haben damit begonnen, sich langsam von den turbulenten Ereignissen zu erholen. Der Frieden ist eingekehrt und dieser erstreckt sich sogar auf die ursprünglich erbitterten Feinde der Erde, die Gamilas. Doch alles hat seinen Preis: der Wiederaufbau kann nur durch die Verwendung der verbotenen Wave Technologie ermöglicht werden. Währenddessen sind die berüchtigten Mitglieder der ehemaligen Crew der Yamato inzwischen alle ihrer eigenen Wege gegangen, als sie plötzlich alle die gleiche Nachricht erreicht. Die mysteriöse Göttin Teresa bittet sie inständig noch ein Mal auf ihre einst geliebte Yamato zurückzukehren und zum weit entfernten Planeten Terezart zu reisen. Im Gegenzug verspricht sie ihnen eine revolutionäre Macht. Solch eine Macht könnte bald vonnöten sein, denn vom Reich Gatlantis geht eine beispiellose Bedrohung aus. Mit der Erde im Visier und alles anderem als guten Absichten an Board kommen die Gatlanta unaufhaltbar immer näher. So bleibt der Crew nichts anderes übrig, als sein weiteres Mal in die unbekannten Tiefen des Weltraums aufzubrechen um im Gedenken an ihren legendären Captain Okita nicht mehr als das Schicksal der Erde zu retten.

Eine eigene, spannende Story, neue Gegner und die tiefen Weiten des Weltalls sind nicht nur für Fans des Klassikers aus den 70er Jahren sowie des Remakes ein Muss, sondern auch für neue Passagiere der Yamato der perfekte Einstieg!