Im Jahre 1988 wird Tokio durch eine nukleare Explosion fast vollständig vernichtet - gut 31 Jahre später ist auf den Ruinen eine noch monumentalere Stadt, Neo-Tokyo, gewachsen, düster und voller Verbrechen. Gangs bekämpfen sich in den Straßen, so wie auch die der jungen Freunde Kaneda und Tetsuo in Auseinandersetzungen mit den sogenannten "Clowns" verwickelt ist. Eines Nachts geraten sie an den greisenhaften Mutanten Takashi, der von einer revolutionären Gruppe aus einem Labor befreit wurde. Tetsuo erleidet einen Unfall und die Mitglieder der Gang werden vom Militär unter Leitung von Colonel Shikishima (Taro Ishida) festgesetzt. Dabei wird entdeckt, daß in Tetsuo ebenfalls gewaltige psychische Kräfte schlummern, die eventuell ganz Neo-Tokyo zerstören könnten. Das ist schon einmal geschehen, nämlich 31 Jahre zuvor, als der Mutant "Akira" die ursprüngliche Stadt in die Luft sprengte. Tetsuo, der zunehmend unter Migräne leidet und immer unkontrollierbarer reagiert, ist schließlich nicht mehr zu stoppen - er macht sich auf die Suche nach Akira, der irgendwo in einer unterirdischen Einrichtung eingelagert wurde. Dabei richtet er ungeheure Zerstörungen an, so daß die Stadt unter Kriegsrecht gestellt werden muß. Kaneda und seine Freunde, die Rebellengruppe und das Militär müssen gemeinsam versuchen, Tetsuo zu stoppen, ehe Akira erwacht...