Bereits seit ihrem Kindesalter beschäftigten sich die Gebrüder Edward und Alphonse Elric mit der Kunst der Alchemie. Als eines Tages ihre Mutter verstirbt, beschließen sie durch die verbotene Transmutation eines Menschen, ihre Mutter von den Toten zurückzuholen. Doch das gefährliche Ritual endet in einer Katastrophe, bei der Edward zwei Gliedmaßen und sein Bruder seinen gesamten Körper verliert. Mit letzter Kraft gelingt es Edward die beinahe verlorene Seele seines Bruders an eine leere Rüstung zu binden. Trotz dieses schrecklichen Ereignisses, bleiben die Brüder der Alchemie gewogen und Edward wird schließlich zum jüngsten Staatsalchemisten im Dienste des Militärs ernannt. Aufgrund seiner speziellen Stahlprothesen, den so genannten Automail, wird ihm der Titel Fullmetal verliehen. Doch ihr sehnlichster Wunsch besteht nach wie vor darin, eines Tages ihre beiden Körper mit der Macht der Alchemie zurückzubekommen. Dazu benötigen sie ein mächtiges Artefakt, welches allen Alchemisten als Stein der Weisen bekannt ist. Doch auf ihrem beschwerlichen Weg werden sie mit heimtückischen Intrigen, gefährlichen Serienmördern und der belastenden Wahrheit hinter dem Stein der Weisen konfrontiert.