Fünf Jahre nach dem Sieg über Ghidorah gilt Godzilla eigentlich als Beschützer der Menschheit bis er eine Forschungseinrichtung des Konzerns Apex angreift. Dessen Chef Walter Simmons (Demián Bichir) will derweil, angeblich zum Wohle der Menschheit, eine neue, besonders ergiebige Energiequelle anzapfen, die mit dem Ursprung der Titanen in Verbindung gebracht wird. Der bisher verlachte Wissenschaftler Nathan Lind (Alexander Skarsgård) vermutet diese in der Hohlerde und will mit der Unterstützung von Apex eine Expedition dorthin starten. Anleiten kann die Truppe jedoch nur ein Titan und der einzige neben Godzilla noch aktive Titan ist Kong, der bisher isoliert auf Skull Island lebt. Dort beobachtet ihn im Auftrag der Monarch-Behörde die Wissenschaftlerin Ilene Andrews (Rebecca Hall), die gemeinsam mit ihrer taubstummen Adoptivtochter Jia (Kaylee Hottle) auf der Insel lebt. Da Kong als vielleicht letzter seiner Art auf Skull Island zunehmend unruhig wird, stimmen sie dem Unterfangen zu und begleiten die Expedition. Allerdings war Kongs Abgeschiedenheit auf der Insel bisher auch sein einziger Schutz vor Godzilla. Als dieser die Anwesenheit eines anderen Titanen spürt, will die Riesenechse beweisen, dass sie weiterhin der König der Monster ist...