Als ein Forschungsteam der Föderation auf einem scheinbar toten Planeten landet, wird es von einer Gruppe verhüllter Gestalten angegriffen. Der Anführer ist kein anderer als Khan, den Kirk und seine Mannschaft vor mehr als 10 Jahren nach seinem Versuch, die damalige Enterprise zu kapern, auf dem Planeten ausgesetzt haben. Der mit überlegenem Intellekt ausgestatte Khan, ein Überbleibsel der letzten genetischen Experimente des ausgehenden 20. Jahrhunderts, will nun Rache nehmen an Kirk und kapert die "Reliant", das sich im Orbit des Planeten befindliche Forschungsschiff. Mit der Drohung "Genesis", ein wichtiges Geheimprojekt der Regierung, zu gefährden, lockt er die Enterprise in seine Nähe. Es gelingt Khan, die Enterprise anzugreifen und sie schwer zu beschädigen.