Ellen Ripley, die am Ende von Teil 3 Selbstmord beging, weil ein Alien in ihr steckte, wird 200 Jahre später geklont - inklusive des damals in ihr steckenden Alien. Der Alien-Embryo wird ihr entnommen und in einem Labor großgezogen. Ripley ist durch das Klonen verändert, da sie einen Teil der Alien-Gene in sich trägt und dadurch aggressiver und stärker geworden ist. Obwohl ihr dies äußerlich nicht anzumerken ist, zeigt sich im weiteren Verlauf immer wieder ihre Verbundenheit zu den grauenhaften Kreaturen. Ripley spürt ihre Präsenz, die Aliens gehorchen ihr bis zu einem gewissen Grad und sie entwickelt Mutterinstinkte für das ihr entnommene Exemplar. Als eine Gruppe von Schmugglern die Forschungsstation aufsucht, gelingt es den gezüchteten Aliens zu entkommen.